为什么口蹄疫疫苗免疫中经常出现严重不良反应?可能的原因是临床反映的不良反应数据往往有人为夸大因素；另一原因是疫苗不良反应,主要分为两类:一类是由于疫苗抗原液中污染的内毒素以及佐剂中的杂质引起的非特异性反应,另一类是由于动物个体的免疫水平或过敏体质引起的特异性过敏反应。

现有的安全检验方法和标准可以排除由疫苗本身质量问题导致的不良反应,而对于第二类因素导致的不良反应现标准难以排除。大部分动物经多年多次疫苗接种,使其处于免疫状态,有的动物还处在高免状态,再次疫苗接种时可能诱发严重的特异性过敏反应。要防止这种不良反应只有结合免疫检测,实行差别免疫,即在疫苗接种前测定口蹄疫抗体效价,对于处于高免状态的动物推迟接种疫苗；或备好抗过敏药品,对于出现过敏反应的动物进行紧急救治。